گروه پژوهشی مهندسی ژنتیک و ایمنی زیستی در سال 1393 از بخش کشت بافت و انتقال ژن (تاسیس 1379) جدا شد و به عنوان بخش مستقل به منظور به‌کارگیری روش‌های نوین مهندسی ژنتیک و انتقال ژن برای ایجاد گیاهان زراعی، جنگلی، مرتعی، دارویی و زینتی با صفات برتر از نظر مقاومت به تنش‌های زیستی و غیرزیستی، تحمل به علف‌کش، بهبود کیفیت و خصوصیات تغذیه‌ای و نیز کشاورزی مولکولی فعالیت دارد. هدف اصلی بخش، تولید محصولات تراریخته‌ای است که کشت آن‌ها دارای فواید اقتصادی، بهداشتی، اجتماعی و به ویژه زیست محیطی است. پژوهش‌های مرتبط با ایمنی زیستی، آنالیز احتمال خطر محصولات تراریخته، اطلاع رسانی علمی، ابهام‌زدایی، ترویج محصولات تراریخته، انجام آزمایش‌های گلدانی، گلخانه‌ای، مزرعه‌ای و نیز مسایل حقوقی موجودات تراریخته نیز در راستای وظایف این گروه است.