برنج غیرتراریخته حساس به کلیه آفات پروانه‌ای از جمله کرم ساقه‌خوار برنج است و به حداقل دو بار سمپاشی با سم شیمیایی خطرناک نیاز دارد. تولید کمتر به دلیل تحمل خسارات قبل از سمپاشی و ناشی از سمپاشی ناقص، آلودگی محیط زیست و کاهش تنوع زیستی (از بین رفتن حشرات، جانوران و میکروارگانیسم‌های مفید)، ایجاد مخاطرات جدی برای سلامت مردم (بقایای سموم)، هزینه بالای سمپاشی (سم، سمپاش و هزینه کارگری سمپاشی) و نگرانی مستمر شالیکاران در مورد احتمال طغیان آفات از جمله مشکلات برنج غیر تراریخته است.  در این راستا پژوهشکده با استفاده از راهبرد کارامد سازی، اقدام به تولید برنج تراریخته مقاوم به آفات نموده است.